悄然入侵全世界,病毒扩散比想象中更早

财经资讯 1年前 (2020) Aaron
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陷入全球大流行的世界,最初究竟哪一步做错了?本文来自微信公众号:世界说(ID:globusnews),作者:林川,题图来自:IC photo

四月底,随着欧洲疫情最为严重的两个国家——西班牙和意大利——相继公布了解禁计划,欧洲终于艰难地初步度过了疫情拐点,与此同时,美国也有多州将“重启”提上日程,看上去至少疫情的第一阶段正在接近尾声。时至今日,几乎所有国家都已放弃了原有的流行病学追查路径,转向大规模普遍排查,面对新冠病毒,假设本国已经发生大规模社区感染似乎成了正确“抗疫”的第一步

但直到此时,“疫情是如何爆发的”在不少国家都仍是未解之谜,是什么让人类原有的流行病学防治经验在新冠病毒面前统统失效?现在陷入全球大流行的世界,在最初究竟哪一步错了?

当追踪社会接触变得似乎已不可能,追踪病毒的变异路径或许仍有希望。

一系列初步研究已经在近期陆续问世,针对不同地区的分析指向了同一个答案:人类严重低估了新冠病毒。

西班牙:没有零号患者

疫情初期,西班牙在应对上犯下了一系列错误已是各方共识,2月28日与29日相继在三个地区发现四个无法追踪感染源的病例,但没有引起政府足够重视,卫生部专家曾在2月23日表示,相信病毒并未进入西班牙境内,3月4日,同一位专家又再度重申了一次没有爆发危险,由于这一误判,西班牙在3月8日照常举行了盛大庆祝活动。

悄然入侵全世界,病毒扩散比想象中更早

3月8日,西班牙马德里,上千名游行者参与了妇女节集会 / 网络

然而一切早有失控迹象。3月3日,西班牙卫生部发布公布消息称,已经通过死后尸检确定了新冠病毒在西班牙造成的第一例死亡,这是瓦伦西亚地区一位69岁的男性患者,曾在死前一周因肺炎去过本地医院门诊,当时他告诉医生,自己刚刚从尼泊尔回来。

他当然没有引起任何注意,即使是今天,尼泊尔也不被认为是疫情爆发地区。接诊的医生仅仅给他开了一些扑热息痛,一周后他在家中去世,死后三周才在尸检当中被查出新冠病毒感染。问题在于,他的死亡日期是2月13日,发病日期早于2月6日,至于感染日期和感染地点,如今已经无法追溯。

更糟糕的是,二月底相继发现的四位无法追溯感染源的患者没有一个人身在瓦伦西亚,与这位死者也没有发生过任何联系。

对病毒基因组的分析讲述了相似的故事,西班牙最迟二月中旬就已发生社区传播,且至少存在三种彼此独立的类型:分析得到的28个基因组当中,各自有13个分别属于已经确定的G与S进化枝(clade),余下两个则属于V进化枝。

除了溯源尚不明确的V进化枝外,首例发生于上海的S进化枝在西班牙的集群(标记为S-Spain)能够追溯到的最近共同祖先(MRCA)位于2月14日左右的西班牙,首例发生于德国的G进化枝在西班牙的集群(G-Spain)则可定位到2月18日,地点仍然在西班牙境内,这意味着在2月18日之前已有至少两个进化枝的病毒在西班牙开枝散叶,而研究同时还显示,有两个子集群在西班牙的扩散时间最早可定位至2月初

即使从2月18日开始算,彼时距离意大利发现自己的“一号患者”也仍有三天,距离西班牙政府宣布“封国”还有几乎一个月,而这项基于西班牙医院收治的部分患者的采样研究并不完整,所能揭开的病毒传播规模只不过是冰山一角。

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3月1日,西班牙马德里,两名戴着口罩的皇马球迷 / 网络

来自瓦伦西亚的遗传学家费尔南多·冈萨雷斯对《国家报》表示,这意味着在西班牙“零号患者从未存在过”,课题组目前已经定位了至少15种病毒进入西班牙的渠道,而国内的早期传播路径仍不明确。他的课题组同事、病毒学家何塞·阿尔卡米也表示,“当流行已经达到如此程度,不再有零号患者了。”

与此同时,在西班牙境内迅速扩散的病毒,又在人类毫无察觉的情况下进一步从西班牙跃迁到了另外六个国家:美国、荷兰、智利、巴西、格鲁吉亚和法国。

美国:从西岸到东岸

同样在疫情初期犯下一系列错误的还有美国,但比起其他国家“为何未能堵住病毒输入”的问题,美国国内更引人注目的是爆发中心的明显转移:美国发现的第一例无法追溯来源的患者出现在2月19日的加州,目前有据可查的第一例死者则来自2月6日的加州湾区,但最终成为美国和全球疫情最为严重地区的却是纽约。

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美国华盛顿州金县,当地政府临时租用的汽车旅馆,用作隔离疑似新冠患者 / 网络

整个2月,美国的测试工作一直被以各种方式人为阻碍,导致及时发现患者变得极为困难,这种延误的结果在西奈山伊坎医学院完成的纽约市病毒基因分析中清晰显示出来:尽管获得的90个完整基因组能够被按照遗传特性归入六个进化枝,但研究者无法从任何一个规模较大的进化枝内找到有关病例分布的地域规律:它们近乎随机地分布在研究涉及的多个社区内,且因为缺少变异而无法追踪方向,这意味着社区传播已在较短时间内达到了极大规模。

这项研究涉及纽约市从3月1日至3月18日的超过800个病例,考虑到纽约州仅在3月9日以后才开放大规模测试,而州内确诊首例出现于2月29日,大部分成为研究对象的患者都是刚刚得知自己已被感染。

悄然入侵全世界,病毒扩散比想象中更早

纽约市分析结果 / 网页截图

从分析结果看,纽约市最大比例的病毒类型与欧洲稍早时期(2月底)较为相近,这一型的占比高达87%,该进化枝目前发现的72%的病例位于欧洲,早期病例散布于意大利、芬兰、西班牙、法国和英国等多国,传入纽约则发生于“1月底到2月中旬之间一场全球性的、未被追溯到的传播”。研究涉及的病毒基因当中只有一例可能来自亚洲或大洋洲,但该例病毒从亲缘上也与华盛顿州西雅图市发现的另一个病例更近。

在当时,美国尚未对除中国外的任何地区执行断航,与伊朗的断航决定宣布于2月29日,与欧洲则宣布于3月11日。

与此同时,来自美国国内的病毒也在输入纽约:它们大致发生于2月20日前后,已被推定的两支均来自较早发生社区大规模感染的华盛顿州。这与另一项在康涅狄格州完成的研究得出了相似的结论:在康涅狄格3月6日至14日发现的9例最初确诊病例身上,从进化亲缘推断病毒全部来自华盛顿州。

纽约前期的几乎不设防状态与日常内部大规模、高频率的人口流动无疑为病毒的迅速扩散制造了有利条件。

来自冰岛的正确答案

最后让我们来看看大流行期间在防控方面几乎没有做错任何一步的冰岛。

自1月底疫情爆发以来,冰岛同时执行了两种测试策略:面向有流行病学接触史、有症状或属于“风险群体”的人群的有针对性测试,和3月13日开始面向无任何可能感染原因的普通人群的普遍测试

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冰岛雷克雅未克,公众正在接受病毒检测,检测由当地一家基因科技公司DeCode提供 / 网络

当然,后者测得的阳性患者人数远低于前者:截至研究开展时(4月1日),有针对性测试共确定1221例阳性,普遍测试则仅有87例。这是全球第一个进行了人口随机普测的国家。

而针对643个病例的病毒基因分析给出了引人注目的结果:随着时间推移,冰岛有针对性测试发现的阳性病例中病毒基因组出现趋势上的明显变化,早期有国外旅行史的确诊病例多属同一支,占比达到65.6%,后期有针对性测试当中这一比例则下降到了31.9%,研究者认为,这意味着正在有越来越多的感染者从那些人们眼中的低风险国家进入冰岛——早期受测者大多有意大利或奥地利旅行史,随着各爆发国家封锁政策陆续落地,来自这些国家的旅行者数量也随之迅速下降。

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接受病毒检测的人口比例 / Bloomberg

冰岛的研究结果再一次证明,低风险国家不一定是病毒尚未进入的国家,也有可能只是还处在静默传播期的国家,比如几周前的英国,或二月时的西班牙和美国。

从643个样本当中,这项研究分析得到的进化枝高达42个,还发现了291个在其他国家尚未发现的新突变,随着时间推移,在确诊病例当中获得的单倍型也在变得越来越多。考虑到冰岛总病例数字与感染规模远不及各爆发国,全球对于新冠病毒的认识或许仍然远远不够。

截至目前,冰岛总病例数共1792个,大规模测试仍在继续,但已经开始出现零增长,冰岛政府始终没有对出入境或境内人口流动进行强制限制。

参考文献:

1. Fauver, Petrone, et al. “Coast-to-coast spread of SARS-CoV-2 during the early epidemic in the United States.” (2020). DOI: 10.1016/j.cell.2020.04.021

2. Fuertes, Francisco Díez, et al. "Phylodynamics of SARS-CoV-2 transmission in Spain." bioRxiv (2020).

3. Gonzalez-Reiche, Ana S., et al. "Introductions and early spread of SARS-CoV-2 in the New York City area." medRxiv (2020).

4. Gudbjartsson, Daniel F., et al. "Spread of SARS-CoV-2 in the Icelandic population." New England Journal of Medicine (2020).

本文来自微信公众号:世界说(ID:globusnews),作者:林川

原标题:悄然入侵全世界,病毒扩散比想象中更早

版权声明:Aaron 发表于 2020年4月29日 下午12:29。
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